1897年,王圆箓到达敦煌莫高窟,在窟南区北段,清理沙石,供奉香火,收受布施,兼四出布道幕化,渐渐有了些积蓄,于是在莫高窟第16窟东侧建太清宫道观,即后来的“下寺”。
王圆箓雇用敦煌贫士杨果为文案,冬春之间抄写道经以供发售。夏秋之间,朝山进香者络绎不绝,于是他让杨某在第16窟甬道内设案,接待香客,代写醮章,兼收布施,登记入账。
1900年,杨果坐在第16窟甬道内,返身于北壁磕烟锅头,觉有空洞回音。他怀疑洞内藏有密室,于是告诉了王圆箓。王圆箓来到第16窟甬道,在侧道壁上发现了一个小门,打开后,果然看见内室,积满写卷、印本、画幡、铜佛等。
就这样,藏经丰富的“藏经洞”被发现了。