福建医科大学附属协和医院拥有6个“国家临床重点专科”建设项目、8个“福建省临床重点专科”建设项目和8个福建医科大学首批重点学科。血液病学专业也是福建省“211”工程唯一的西医临床重点学科。福建省超声医学、院内感染、烧伤治疗、临床输血四个质控中心挂靠我院。此外，泌尿外科、神经内科、整形外科、介入科、超声医学科、影像等专业的诊疗技术也有较突出的优势和特色。
