国内外开展微生物检验的食品种类较多,食品分类方法也不尽相同。总的来看涉及微生物检验的食品种类主要有:奶制品、预烹煮食品、饮用水、蛋制品、水果、谷物、婴幼儿食品、肉及肉制品、软体动物、禽肉、贝类、白明胶、香草(药)、即食食品、罐头食品、调味品,粉类制品、豆制品、冷冻饮品、糖果、海鲜、甜点、蔬菜、藻类、食疗食品、米面制品等。
我国开展微生物检验的重点食品种类为:奶制品、罐头食品、调味品、蛋制品、淀粉类制品、发酵和非发酵性豆制品、冷冻饮品、糖果、饮用天然矿泉水等,其中食糖以及保健品的微生物检验为我国所独有。
食品中的微生物检验项目主要有四个:菌落总数、大肠菌群、霉菌和酵母菌、致病菌。其中致病菌又主要包括沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌。