但是真从公平来说，之所以能够取得溢价，这个案例中，恰恰是实缴少的乙方股东多方付出，使得公司顺利办下一个资质，从而得以溢价转让股权，这个资质办下来，和那个实缴多点的出资没有多大关系的
按实缴比例，比照《公司法》的规定。另外，你所提的问题应当是一个假设的问题。在实际操作过程中，不会出现这种问题，因为股权转让行为是分别在甲、乙方和受让方之间进行的，是两个法律行为，价格相同或不同也很正常，如果另一方不同意，可以按照要约实施优先受让权。
我觉得应该按实缴比例，这样比较符合公平正义。但是，章程有约定的应该遵从章程。
如果因为资质问题，甲、乙双方就要协商了。
那就商量着来吧。有限毕竟还要考虑人合的因素。
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