两者没有关系,都是国家围绕长江派出的的行政事业单位,前者，副部级的事业单位；长江水利委员会属于水利部,是中华人民共和国水利部在长江流域和澜沧江以西（含澜沧江）区域内行使水行政主管职能的派出机构,.后者，正厅局事业单位；长江航道局隶属于交通运输部，是大型公益性事业单位,由交通运输部的派出机构长江航务管理局代管.
都是交通部下属的单位，但是管理权限不一样，长江委员会是行政事业单位，长江航道局说白了就是个企业。
