原料蜂蜜含有许多细菌，有的对人体有害，有的会是蜂蜜发酵变质，因而必须对蜂蜜进行消毒灭菌。然而蜂蜜中含有许多活性物质，所以蜂蜜也不能采用高温消毒。为了保全蜂蜜的营养价值，蜂蜜消毒采用瞬时高温或巴式灭菌法，在加工过程利用加热消毒设备来完成，这样既达到了灭菌消毒的目的，又不破坏蜂蜜的营养成分。
