整合载体
在生物学研究和基因工程应用中，会涉及将某个基因或某些基因插入到染色体中去的工作，承担这部分工作的载体，可称为整合载体(integration vector)。根据整合方式的不同可分为定点整合和随机整合，按其作用来分可归为目标基因的插入或敲除以及随机突变体库的构建。
1.基因插入 / 基因敲除
同源重组整合载体是最常用的整合载体，该载体一方面含有大肠杆菌克隆载体的骨架，更主要的是含有一段便于同源重组的重组 DNA 片段。也就是从染色体上待插入位点处取出一段 DNA, 将选择标记基因和多克隆位点插入到这个片段中间得到这一重组 DNA 片段。
2.随机插入突变载体
随着功能基因组研究的发展，不断需要一系列发生基因突变的材料。为了满足这一要求，构建随机突变体库便进入到研究工作中。随机突变体库是指标记基因在载体的携带下通过 DNA 重组事件随机插入基因组中而形成的突变体的集合。 为了提高标记基因插入到基因组中的频率，一般都要借助转座子来帮忙。
穿梭载体
穿梭载体(Shuttle vector)是能够在两类不同宿主中复制、增殖和选择的载体。如有些载体既能在原核细胞中复制又能在真核细胞中复制，或能在 E.coli 中复制又能在革兰氏阳性细菌中复制。这类载体主要是质粒载体。
1.大肠杆菌/革兰氏阳性细菌穿梭载体
大肠杆菌/革兰氏阳性细菌穿梭载体是典型的穿梭载体，其作用主要是将目标基因转移到芽胞杆菌或球菌中去。
2.大肠杆菌/酵母菌穿梭载体
酵母菌除了在真核生物的细胞生物学研究方面发挥重要作用外，在作为蛋白质的真核表达系统方面也显示出巨大威力。
大肠杆菌 - 酿酒酵母穿梭质粒载体，含有分别来自大肠杆菌和酿酒酵母的复制起点与选择标记，另有一个多克隆位点区。由于此类型的载体既可在大肠杆菌细胞中复制，也可在酿酒酵母细胞中复制，因此在遗传学研究中很受欢迎。它使研究工作者可自如的在两种不同的寄主细胞之间来回转移基因，并单独或同时在两种宿主细胞中研究目的基因的表达活性及其它的调节功能。
3.其它穿梭载体
在哺乳动物、植物、昆虫细胞等细胞中使用的表达载体或其它载体，一般都有在大肠杆菌中复制的元件，因此都具备穿梭载体的特征。