1.建议广东省政府迁至南沙。课题组认为，南沙开发的战略举措至少有八个方面，其中之一就是构建以“三新定位”为目标的发展架构。扩展南沙新区的区划范围；编制《南沙新区发展总体规划》；搭建南沙新区管理架构；成立高规格的南沙新区开发领导小组。建议将广东省政府机关迁至南沙区，使之成为广东省新行政中心。美国伊利诺伊州的州府设在人口不足20万的春田市，而不是在人口众多、较为繁华的芝加哥市；我国青岛把市政府从繁华的栈桥周围迁移到五四广场等，这些成功的经验都可学习和借鉴。
南沙新区现在的发展面临非常激烈的竞争，如果发展仅依靠市场方式实现资源配置、集聚，由于我们现在很多资源还是经由行政系统配置的，可能南沙会错失很多发展机遇。因此，我们建议在南沙建设广东省新行政中心，使南沙成为珠三角乃至华南地区重要的资源配置中心之一，这对南沙的发展将发生举足轻重的巨大影响。同时，省级行政中心的入驻，也肯定能够带动教育、医疗、商业等各类资源的进入，直接促进南沙经济社会发展提速。
过去说南沙地区位于珠三角的地理几何中心，具有区位优势。但现在科技的发展正在弱化传统的地理优势，网络化和信息化的趋势，高铁、地铁、高速公路等建设拉近了地区之间的距离，南沙区位优势的作用日渐弱化。因此南沙要在未来实现国家对它的战略定位和发展规划，除了地理中心优势之外，还应该具备更多的其他优势，在现阶段尤其需要争取区域行政中心的优势。
2.调整广州与惠州、韶关的行政管辖区划.课题组还建议将广州北部原属于广州管辖、现属于惠州、韶关管辖的部分区域划归广州管辖。一方面带动这些区域发展，减轻惠州、韶关对这些相对后发地区经济、社会发展的转移支付等支持的压力；另一方面，有利于在更大范围内统筹考虑资源、要素和环境问题。此外，在管理权限与考核制度方面，赋予南沙新区管理机构省级管理决策权限；按照对不同区域的主体功能定位，实施差别化的评价考核原则。
3.扩大南沙保税港区范围.在财税政策等支持方面，课题组建议，设立“南沙发展基金”并给予专项补助资金；实行企业所得税“三免三减半”，在一定期限内按15%税率征收企业所得税；建设免税购物商店。
省市两级政府现在也在财税上对南沙有支持，但是力度还是偏弱，必须加大力度。具体说，要大力加强和扩大南沙保税区，建立生产资料和原材料保税区，扩大原有保税区的范围，健全其功能，发挥保税区在企业进出口加工、国际贸易、保税仓储商品展示等方面的功能，使企业享有“免证、免税、保税”的优惠政策，充分发挥保税区在降低企业经营成本、减轻资金压力方面的积极作用。
这次中国社科院课题组提出要创立“南沙发展基金”，我们认为很有必要。建议省市财政每年拨出一定的专款创立“南沙发展基金”，同时，在一定时限内，减免南沙区的上缴财税比例，使南沙能够集中有限资源，扶持和推动南沙支柱产业的发展，根据区财政实力不断提升公共服务水平和质量。
在航运和物流政策方面，建议扩大南沙保税港区范围；对注册在保税港区内的纳税人从事海上国际航运、货物运输、仓储、装卸搬运业务取得的收入免征营业税；对注册在南沙新区的保险企业从事国际航运保险业务 取得的收入免征营业税；对南沙保税港区的企业建设自用设备材料免关税和进口环节税。
可以把这一建议再深化一些，将南沙打造成一个“消费特区”，广东省向中央申请，将南沙建设成为中国内地第一个高档消费品免税区，大力引入香港乃至全球的高档消费品经销商在南沙经营，外国游客离境购买的免税高档消费品应无次数、无金额、无数量限制。本地居民在区内购买免税高档消费品无限量、限额、限次规定。如果能够实现这个特殊政策，不仅可以改变广州高档消费品消费低迷的现状，大大提升珠三角高端消费人群对国际品牌的吸引力，南沙也可以则借此助推形成广州国际商贸中心的地位，可以说是一举两得，多方共赢。
在金融创新支持方面，建议建设国家金融综合配套改革试验区和国际性加工贸易结算中心；建设航运交易所和华南商品期货交易所；发展离岸金融、融资租赁、产业投资基金；试点外汇制度改革。
4.探索粤港、粤澳游艇出入境便利化措施.课题组建议，探索粤港、粤澳游艇出入境便利化措施，试点“两地牌一证通”政策；建立“一地两检”农产品检验检疫制度；将南沙港区口岸作为汽车整车进口口岸；授权南沙相关机构签发赴港澳通行证业务。合作特区，率先实现内地、港澳与国际职业资格的“一试三证”；开展港澳和国外高校在南沙合作办学试点；支持引进各类国际教育培训机构
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