《诸病源候论》在我国医学上所取得的成就与贡献主要有以下几个方面:首先是突破了前人的病因学说。巢元方等在病因学说方面,有不少创造性见解,对有些疾病,突破了笼统的“三因”传统说法,丰富了祖国医学的病因学说。例如书中确认了疥疮等病的病原体。巢元方等通过临证认真观察,在前人基础上确认疥疮是因疥虫所致。书中把疥疮分为马疥、水疥、干疥、湿疥等类,指出:“疥者,有数种。……并皆有虫。”在叙述羌虫病时说:“熟看见处,以竹簪挑拂去之,已深者,用针挑取虫子,正如疥虫,著爪上,映光易见行动也。挑不得,灸上三七壮,则虫死病除。”可见对疥疮病原体及其传染性、好发部位,不同类型的临床表现特点及诊断要点、治愈标准等,都有了比较正确的认识,这比欧洲Linne氏在公元1758年关于疥虫的报告要早1000多年。尤其可贵的是强调“虫死病除”,把消灭病原体作为疾病治愈的标准,这无疑是一种进步的认识。在对传染病病因的认识方面,对前人的六淫致病说有所突破。书中创造性地提出,宇宙间另有一种“乖戾之气”的物质,可以导致伤寒、时气病、温病等传染病,并引起“转相染易,乃至灭门”。还强调传染病是可以预防的,多次指出“预服药及为方法以防之”。书中认为寄生虫病的发生和饮食卫生有很大关系,明确指出寸白虫(绦虫)系食入生牛肉、鱼肉所致。对漆疮、晕动病等过敏性疾病,已认识到其发病与个体反应性有关,“特由质性自然,非关宿挟病也。”总之,《诸病源候论》对病因的认识在很多方面突破了前人的旧说,这对病因学的发展具有重要意义。