A、基因突变是DNA分子中碱基对的增添、缺失或改变，从而引起基因基因的改变，属于分子水平上的变异，A正确；B、染色体容易被碱性染料染成深色的物质，属于显微结构，则染色体结构变异通过光学显微镜观察到，B正确；C、基因突变能产生新基因，而基因重组只能产生新的基因型，C正确；D、由于密码子的简并性，基因突变时生物性状不一定发生改变，D错误．故选：D．
