被害人不配合检查的，侦查人员可以强制检查。
相关法律规定：
《刑事诉讼法》第一百三十条 为了确定被害人、犯罪嫌疑人的某些特征、伤害情况或者生理状态，可以对人身进行检查，可以提取指纹信息，采集血液、尿液等生物样本。
犯罪嫌疑人如果拒绝检查，侦查人员认为必要的时候，可以强制检查。
检查妇女的身体，应当由女工作人员或者医师进行。
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