元代九十余年，金陵仍衰落破败，一直要到明太祖朱元璋坐江山，建立大明、定都南京(金陵)，才使得这座虎踞龙盘的石头城重新兴旺起来。
历朝历代，凡建都南京者，无论建业(东吴)、建康(南朝)还是金陵(南唐)，都只是割据中的都城；一直到明朝，才是一统天下的大国国都。元代至正十六年(1356)朱元璋渡江打败元兵，攻克集庆路，改为应天府(即南京)，自称吴国公。第二年，当他攻下徽州时，有一位叫朱升的儒生向朱元璋献策：定都金陵，改为南京；都城建设概括为“九字方针”：“高筑墙，广积粮，缓称王。”此策得到朱元璋的肯定，作为建都立国的指导方针。据《明太祖实录》中记载：“初，上召诸老臣问以建都之地。或言关中险固金城天府之国；或言洛阳天地之中.四方朝贡道理适均，汴梁亦宋之旧京；又或言北平元之宫室完备，就之可省民力者。上曰：所言皆善，惟时有不同耳。长安、洛阳、汴京实周、秦、汉、魏、唐、宋所建国，但平定之初，民未苏息；若建都于彼，供给力役悉资江南，重劳其民；若就北平，要之宫室，不能五更作，亦未易化。今建业长江大堑，龙盘虎踞，江南形胜之地，真足以立国。”于是洪武元年，朱元璋建立大明，定都南京。
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