启动子在真核和原核是不同的：
在真核中含有：I类启动子富含GC碱基对
II类启动子具有TATA盒特征结构
III类启动子包含A盒.B盒和C盒
原核生物中启动子也各不相同，一般的含三个功能区：一是RNA合成的起点，即+1位碱基；而是位于-10bp区的RNA聚合酶结合部位，有着“TATAAT”的共有特征序列，亦称为普里布诺；三是转录起始识别部位，位于-35bp区，共有序列是“TGACA”。
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