中国植物种类繁多,资源丰富,很久以来,英、法、德、美等许多国家的科学家多次来我国调查植物资源和采集植物标本。从19世纪60年代前后开始,对中国植物的研究主要由外国人把持,大批标本包括珍稀、模式标本流落国外,有关中国植物的调查和研究论文也是外国人写的。在国内,近代植物学曾先后两次被介绍进来,出版和翻译了一些国外植物学的书,但由于长期受封建社会的桎梏,都没有受到重视,直到本世纪初近代植物学在我国还是一片空白。钱崇澍对这种状况早就不满。他认为不建立中国近代植物学,怎能开发利用祖国丰富的植物资源,又怎能改造我国落后的农业、林业,建设成一个富强的国家呢?
钱崇澍怀着满腔救国激情,决心要更快地将自己学到的近代植物学知识播种在祖国大地上,让它生根、开花、结果。他当时克服了人力、物力和财力上的重重困难,以极大的热情和毅力,致力于在国内建立和发展近代植物学的研究工作。
他的研究领域十分广泛,在许多方面都是开创性的。1916年,在国外发表了《宾夕法尼亚毛茛两个亚洲近缘种》,这是中国人用拉丁文为植物命名和分类的第一篇文献。1917年他在国外发表《钡、锶、铈对水绵属的特殊作用》,同样这是我国应用近代科学方法研究植物生理学的第一篇文献。他还首次写出了中国植物生态学和地植物学的论文《安徽黄山植被区系的初步研究》。钱崇澍还在国内第一个选择了在植物分类工作中难度较大的兰科、荨麻科、豆科、毛茛科等植物进行系统的研究。为了更快传播新技术和新的科学知识,1917年他发表了《介绍新著动植物显微镜法》一文,1929年翻译了《细胞的渗透性质》、《自养植物的光合作用》等植物生理方面的论文。钱崇澍早期的论著和译文,大多数发表在《科学》、《中国科学社生物研究所论文集》、《中央研究院植物学文集》等刊物上。除上述文章外,他所发表的《森林之种类与分布》、《植物疏密之试验》、《植物之天演》、《浙江之兰科三新种》、《中国植物之新种》等也都是当时的代表作。钱崇澍在植物分类学、植物生理学及植物生态学和地植物学所作出的贡献,为我国近代植物学的建立奠定了基础。
钱崇澍非常重视野外考察工作。回国不久,他就不畏千辛万苦,深入浙江和江苏南部进行植物区系的研究,采集植物标本1万多号,特别是对浙江省植物做过系统的收集和整理。20年代后又对南京钟山的森林和岩石植物进行过专门的观察和研究。他还制定了江苏、浙江、安徽、四川各省的植物调查规划。他所组织的采集队走遍了这些地区的山山水水,积累了丰富的资料,为我国东南、西南植物分类、区系和植被等方面的研究开辟了道路,也为以后编写地区植物志、全国植物志以及研究植物地理学等创造了条件。通过这些考察活动使钱崇澍进一步认识到祖国丰富的绿色宝库,开阔了视野,更坚定了他献身科学的信念。