绩效审计方法，有广义和狭义之分。从广义上说，绩效审计方法是指在审计工作中为了实现绩效审计目标而采用的工作模式、程序、措施和手段的总称，它包括绩效审计工作组织实施的方法、审计取证方法和审计工作质量与成果的考核方法等。从狭义上说，绩效审计方法主要包括两大类：一为绩效审计方法模式（框架），一为绩效审计具体方法。
绩效审计方法模式（简称绩效审计模式），是指进行绩效审计的总思路，它揭示绩效审计的主要方向、重点和大的审计范围，体现的是绩效审计的战略或全局思维。常见的绩效审计方法模式主要有5种，即：结果为导向（重点）的审计模式、控制系统为导向（重点）的审计模式、问题为导向（重点）的审计模式、责任机制为导向（重点）的审计模式以及成本－效益分析的审计模式。
绩效审计的具体方法，是指进行绩效审计具体项目所采用的审计方法或步骤，体现的是绩效审计的局部思维和具体审计策略，主要包括审计证据的收集方法和分析方法。绩效审计中，常用的审计证据收集方法和分析方法主要有6种，即：审阅法、观察法、访谈法、抽样和案例研究法、统计分析法和比较分析法等。
绩效审计的方法模式，前面我们已经进行过介绍，下面主要介绍绩效审计的具体方法。审阅法
审阅法是通过对书面文件资料进行审查、阅读而取得证据的一种方法。绩效审计中，审计人员可以根据需要，查阅被审计单位的报表、账册、财务收支计划、内部管理制度、重要会议记录、文件合同，调阅相关的审计档案、统计资料等。对文件资料的审阅和研究，有助于审计人员掌握有用的信息和数据，但必须紧密围绕审计目标，并需要对所用文件的可靠性作出适当评估。观察法
观察法是通过实地观察来取得审计证据的一种方法。这一方法主要应用于调查被审计单位的经营环境、内部控制制度的遵循情况和财产物资的管理等方面。运用这种方法，审计人员可以获得实物和行为的亲历证据，判断被审计单位行为的规范性和实物的真实性。为了增强证据的可信度与说明力，在实地观察中可以同时采用录音、录像、拍照等方式来取得审计证据。访谈法
访谈法是通过召开座谈会或个别访谈而取得证据的一种方法。访谈有多种方式，可以通过电话进行访谈，可以面对面进行访谈，也可以通过信函、网络的方式进行访谈。这种访谈可以一对一地进行，也可以一对多、多对多地召开座谈会的形式进行。访谈的对象既可以是被审计单位的领导和干部职工，也可以是被审计单位的上级主管部门、有关监管部门、组织人事部门及其他相关部门。运用这种方法，审计人员可以在更广的范围内收集信息，拓宽审计思路，发现重点关注领域。但应注意的是，访谈获取的证据一般不能作为事实性证据的唯一证据，就是说，访谈获取的证据还需要经过审计人员的进一步证实。抽样和案例研究法
在绩效审计中，由于审计资源有限，审计人员经常采用抽样调查的方法来获取审计证据。抽样调查法通过从总体中选取一定量的样本，根据对选取样本的调查来推断总体情况，获取有关被审计事项的信息。运用抽样调查方法，通常可以获取被审计事项的一般性总体信息（即一般性统计数据）。为了获取更多的深层信息，一般需要通过案例研究的方法对抽样调查的方法进行补充。通过将一般统计数据与深入的案例研究相结合，审计人员可以获取充分的抽样推断信息，从而可以得出比较准确的审计结论。统计分析法
统计分析的方法有很多，但最主要的是回归分析法。回归分析法是对两类或多类经济数据之间的因果关系进行分析，推导出相应回归方程，然后以此回归方程来推算自变量与因变量的变化规律。回归分析法的实质是从观察数据中找出自变量与因变量之间的相关关系。观察数据一般分为两种：一是时间序列数据；二是剖面数据。运用回归分析法分析，一般包括以下几个步骤：(1)确定自变量；(2)取得观察数据；(3)选择回归方程的形式；(4)用最小二乘法估计回归参数；(5)进行假设检验；(6)运用回归方程预测因变量的变化规律。比较分析法
比较分析法是通过对不同来源的有关指标、数字等内容的对比，或通过与评价标准的对比，来进行数据或证据分析的一种方法。在应用比较分析时，可以将实际（决算）数据与计划（预算）数据的比较分析，也可以将不同分析期的数据进行比较。除了这些有关的指标、数字，可用于比较的内容还有：有关的事实情况；不同时间、空间和不同项目的结果；不同国家和地区的一个或者多个项目；有关的政策、目标等。
除了上述方法，为了应对时代发展的挑战，审计人员还应当不断学习和应用新的、体现时代要求的审计技术和方法。所以，《世界审计组织绩效审计指南》指出：“最高审计机关应该用各种最新审计方法武装自己，包括以系统为基础的审计技术、分析性复核方法、统计抽样、对自动化信息系统的审计，等等。"