（1）已知果蝇刚毛和截毛这对相对性状由X和Y染色体上一对等位基因控制的，即在X和Y染色体上都有等位基因，则雄果蝇的基因型有 XBYB、XBYb、XbYB、XbYb；雌果蝇的基因型有XBXB、XBXb、XbXb，所以在自然环境下果蝇的基因型一共有7种．
（2）现有自然环境下的刚毛雌雄果蝇和截毛雌雄果蝇若干．
①现有刚毛雌雄果蝇和截毛雌雄果蝇若干，让它们自由交配的组合情况有：刚毛雌果蝇和刚毛雄果蝇杂交、刚毛雌果蝇和截毛雄果蝇杂交、截毛雌果蝇和截毛雄果蝇杂交、截毛雌果蝇和刚毛雄果蝇杂交．
②判断刚毛和截毛这对相对性状的显隐性关系有多种方法，如性状分离法或杂交法等．其中性状分离法为：取多只刚毛雌果蝇和多只刚毛雄果蝇（或多只截毛雌果蝇和多只截毛雄果蝇）杂交得F1，若F1出现截毛果蝇（或刚毛果蝇），则刚毛为显性，截毛为隐形（或为截毛显性，刚毛为隐形）；若F1均为刚毛（或截毛），则刚毛为隐形，截毛为显形（或截毛为隐形，刚毛为显性）．
故答案是：
（1）7 XBYB、XBYb、XbYB、XbYb
（2）①4 刚毛雌果蝇和刚毛雄果蝇、刚毛雌果蝇和截毛雄果蝇、截毛雌果蝇和截毛雄果蝇、截毛雌果蝇和刚毛雄果蝇
②取多只刚毛雌果蝇和多只刚毛雄果蝇（或多只截毛雌果蝇和多只截毛雄果蝇）杂交得F1，若F1出现截毛果蝇（或刚毛果蝇），则刚毛为显性，截毛为隐形（或为截毛显性，刚毛为隐形）；若F1均为刚毛（或截毛），则刚毛为隐形，截毛为显形（或截毛为隐形，刚毛为显性）
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