选择性培养基是筛选目的菌株的。摇瓶发酵是验证和摸发酵条件的。它们的作用不一样。
用选择性培养基筛选出来目的菌株后，还要考查目的菌株产生产物的能力，以及什么样的条件才是该菌株产生目的产物的最适条件。这些是在平板培养基上无法得到或准确得到的。再说，在该菌株用于生产时，也只能是在液体培养环境中。
在固体培养基上得到的目的菌株，最多只能看到产生的透明圈或抑菌圈之类的大小，不能得到最适培养条件。而摇瓶发酵，就是做这个用的。
在摇瓶发酵中，用不同的培养基配方，看在不同条件下产生目标产物的多少、在什么温度下能产多少、在什么PH值下能产多少、是否需要中途添加或改变某些营养成分、培养时间与产物产生速率之间的关系等等，这些初步的发酵动力学参数都必须在摇瓶发酵中进行测试。这些都是在固体培养基上做不到的。
在摇瓶发酵结束后，找到的最佳参数还要在小型（5L、10L、20L）的玻璃发酵罐中进行再次验证、再次调整，才能得到该菌株的发酵动力学参数。
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